メニュー > 設定 > 高度 > 同期フォルダの選択

を開くとチェックボックス付きディレクトリツリーが表示され、既定で全てチェックが入ってるので同期したくないものを外していく。チェックを外したものはローカルから削除される。当然クライアントの設定なので複数台のマシンで使用していれば各々設定する必要があり、マシン毎に異なる設定ができる。

使い始めた頃はこんな機能無かった気がするけどいつの間にか便利になったな。